Salah satu tantangan utama yang diidentifikasi adalah keterbatasan infrastruktur dasar di wilayah perbatasan. Akses jalan, transportasi, dan sarana komunikasi yang belum memadai menghambat mobilitas personel, distribusi logistik, serta efektivitas pengawasan wilayah. Kondisi geografis yang sulit, seperti hutan lebat, pegunungan, dan pulau-pulau terpencil, semakin memperbesar kompleksitas pembangunan pertahanan.
Selain infrastruktur, keterbatasan jumlah dan kapasitas personel penjaga perbatasan juga menjadi persoalan krusial. Luasnya wilayah yang harus diawasi sering kali tidak sebanding dengan jumlah aparat yang tersedia. Hal ini berdampak pada rendahnya intensitas patroli dan terbatasnya kemampuan respons cepat terhadap potensi ancaman, baik berupa pelanggaran batas wilayah maupun kejahatan lintas negara.
Aspek anggaran pertahanan turut menjadi sorotan penting dalam KKP ini. Alokasi anggaran yang relatif terbatas menuntut adanya manajemen pertahanan yang efisien dan berbasis prioritas. Keterbatasan anggaran berdampak pada lambatnya modernisasi alat utama sistem persenjataan serta belum optimalnya pembangunan sarana pendukung di kawasan perbatasan.
KKP ini juga menggarisbawahi kesenjangan sosial-ekonomi masyarakat perbatasan sebagai tantangan strategis. Ketimpangan kesejahteraan antara wilayah perbatasan Indonesia dan negara tetangga berpotensi menimbulkan masalah sosial, ekonomi, dan keamanan. Kondisi ini menuntut pendekatan pembangunan pertahanan yang terintegrasi dengan pemberdayaan ekonomi dan peningkatan kualitas hidup masyarakat lokal.
Dalam kerangka pemikiran teoretis, KKP ini memanfaatkan konsep keamanan nasional, diplomasi pertahanan, dan manajemen strategis. Diplomasi pertahanan dipandang sebagai instrumen penting dalam membangun kepercayaan dengan negara tetangga melalui patroli bersama, latihan gabungan, dan kerja sama militer. Pendekatan ini diharapkan mampu menekan potensi konflik sekaligus memperkuat stabilitas kawasan.
Teori keamanan nasional menempatkan pembangunan pertahanan di perbatasan sebagai upaya melindungi eksistensi negara dari berbagai ancaman, baik militer maupun nonmiliter. Ancaman tersebut tidak hanya berupa agresi bersenjata, tetapi juga penyelundupan, perdagangan ilegal, radikalisme, dan infiltrasi ideologi yang dapat menggerus persatuan bangsa.
Sementara itu, perspektif manajemen menekankan pentingnya perencanaan yang matang, pengorganisasian lintas sektor, pelaksanaan yang terkoordinasi, serta pengawasan yang berkelanjutan. Tanpa manajemen yang baik, berbagai program pembangunan pertahanan berisiko berjalan parsial dan tidak memberikan dampak signifikan terhadap penguatan kedaulatan wilayah.