Tantangan lainnya muncul dari adanya disparitas kapasitas kelembagaan pemerintah daerah. Daerah yang memiliki sumber daya manusia, tata kelola, dan kemampuan fiskal yang lebih baik cenderung mampu memanfaatkan TKD secara lebih efektif dibandingkan daerah dengan kapasitas kelembagaan yang masih terbatas. Perbedaan kemampuan tersebut menyebabkan hasil pembangunan antardaerah berkembang secara tidak merata.
Dalam pembahasannya, KKP menggunakan pendekatan teori Fiscal Federalism, Intergovernmental Transfers, serta Good Governance sebagai landasan analisis. Ketiga konsep tersebut memberikan pemahaman bahwa pembagian kewenangan fiskal antara pemerintah pusat dan daerah harus diimbangi dengan mekanisme pengawasan, transparansi, serta orientasi pada peningkatan kualitas pelayanan publik yang berkelanjutan.
Kajian ini juga menekankan bahwa keberhasilan desentralisasi fiskal tidak cukup diukur dari besarnya dana yang dialokasikan kepada daerah. Yang jauh lebih penting adalah sejauh mana dana tersebut mampu menghasilkan keluaran dan manfaat nyata berupa peningkatan kualitas pendidikan, kesehatan, infrastruktur, pelayanan dasar, serta pertumbuhan ekonomi yang inklusif bagi masyarakat.
Di tengah dinamika ekonomi global dan keterbatasan ruang fiskal nasional, pemerintah dituntut untuk semakin cermat dalam menyusun kebijakan transfer fiskal. Penyesuaian alokasi anggaran harus tetap mempertimbangkan kebutuhan daerah agar tidak mengurangi kemampuan pemerintah daerah dalam menjalankan pelayanan publik maupun mendukung prioritas pembangunan nasional.
Penulis turut membandingkan praktik transfer fiskal di beberapa negara seperti Australia, Kanada, dan Vietnam yang telah menerapkan berbagai mekanisme pemerataan fiskal berbasis kebutuhan, kapasitas daerah, serta indikator kinerja. Pengalaman internasional tersebut menunjukkan bahwa keberhasilan desentralisasi tidak hanya ditentukan oleh besaran dana, tetapi juga oleh desain kebijakan dan tata kelola yang efektif.
Dalam perspektif Ketahanan Nasional, TKD memiliki keterkaitan yang erat dengan seluruh aspek pembangunan nasional. Pemerataan pembangunan melalui instrumen fiskal mampu memperkuat ketahanan ekonomi, sosial, politik, hingga pertahanan dan keamanan karena setiap wilayah memperoleh kesempatan yang lebih seimbang untuk berkembang sesuai potensi yang dimiliki.
KKP ini juga menyoroti pentingnya penguatan sistem monitoring dan evaluasi penggunaan TKD secara nasional. Selama ini pelaporan penggunaan dana masih bersifat sektoral sehingga diperlukan sistem informasi yang lebih terintegrasi untuk memantau realisasi anggaran, capaian program, serta dampaknya terhadap peningkatan kesejahteraan masyarakat di daerah.