Namun demikian, implementasi Danantara juga dihadapkan pada berbagai tantangan tata kelola. Isu mengenai independensi, transparansi, akuntabilitas, dan pengawasan menjadi perhatian penting agar lembaga ini dapat bekerja secara profesional dan terhindar dari risiko intervensi politik maupun penyalahgunaan kewenangan.
Kajian ini juga mengidentifikasi adanya ancaman, tantangan, hambatan, dan gangguan (ATHG) yang dapat memengaruhi efektivitas Danantara. Ancaman tersebut meliputi lemahnya kerangka pengawasan, potensi moral hazard, tumpang tindih regulasi, hingga risiko ketidakpastian ekonomi global. Berbagai tantangan ini menuntut adanya strategi yang adaptif, terukur, dan berbasis pada kepentingan nasional jangka panjang.
Dari perspektif teori daya saing bangsa, keberhasilan suatu negara ditentukan oleh kemampuannya menciptakan inovasi dan meningkatkan produktivitas nasional. Melalui pendekatan Diamond Model Porter, daya saing tidak hanya dipengaruhi oleh faktor produksi, tetapi juga oleh kualitas permintaan domestik, keberadaan industri pendukung, serta strategi dan struktur organisasi yang mampu menciptakan keunggulan kompetitif secara berkelanjutan.
Salah satu gagasan strategis yang ditawarkan dalam KKP ini adalah pembentukan Danantara Technology Management (DTM) sebagai pilar ketiga dalam struktur Danantara. DTM diproyeksikan menjadi pusat pengelolaan inovasi dan pengembangan teknologi yang dapat mendorong transformasi industri nasional sekaligus meningkatkan kapasitas bangsa dalam menghadapi kompetisi global berbasis teknologi.
Kehadiran DTM dinilai penting mengingat penguasaan teknologi telah menjadi faktor utama dalam menentukan posisi suatu negara dalam rantai nilai global. Melalui penguatan riset, pengembangan teknologi, dan transfer pengetahuan, Indonesia diharapkan mampu meningkatkan kapabilitas industri dalam negeri dan menciptakan nilai tambah yang lebih besar bagi perekonomian nasional.
Optimalisasi Danantara juga diyakini dapat memperkuat ketahanan ekonomi nasional melalui peningkatan pendapatan negara, penciptaan lapangan kerja, serta percepatan pembangunan sektor-sektor strategis. Ketahanan ekonomi yang kuat pada akhirnya akan menjadi fondasi bagi ketahanan nasional secara menyeluruh, karena stabilitas ekonomi memiliki keterkaitan erat dengan stabilitas sosial, politik, dan keamanan negara.