Tekanan terhadap ekosistem laut juga diperparah oleh pencemaran, sampah plastik, kerusakan terumbu karang, degradasi mangrove, serta dampak perubahan iklim global. Kenaikan suhu laut, cuaca ekstrem, dan kenaikan permukaan air laut secara langsung memengaruhi produktivitas perikanan serta keberlangsungan hidup masyarakat pesisir yang menggantungkan hidupnya pada sektor ini.
Di sisi lain, keterbatasan infrastruktur maritim dan teknologi masih menjadi hambatan utama dalam pengembangan industri perikanan. Banyak pelabuhan perikanan, tempat pendaratan ikan, dan fasilitas rantai dingin yang belum memadai, sehingga berdampak pada rendahnya kualitas hasil tangkapan dan tingginya kehilangan pascapanen.
Struktur armada perikanan nasional yang masih didominasi oleh kapal-kapal kecil juga mencerminkan belum optimalnya modernisasi sektor perikanan tangkap. Kondisi ini membatasi jangkauan operasi nelayan, efisiensi produksi, serta kemampuan untuk bersaing dalam pasar yang semakin kompetitif, baik di tingkat nasional maupun global.
Pada sektor perikanan budi daya, tantangan tidak kalah kompleks. Permasalahan ketersediaan pakan, kualitas benih, penyakit ikan, degradasi lingkungan, serta keterbatasan modal dan akses pasar masih menjadi kendala utama. Padahal, perikanan budi daya memiliki potensi besar untuk menjadi sumber pangan yang stabil dan berkelanjutan.
Permasalahan juga terjadi pada sisi hilir industri perikanan, khususnya pada industri pengolahan dan pemasaran. Sebagian besar usaha pengolahan ikan masih berskala mikro dan kecil dengan teknologi sederhana, sehingga produk yang dihasilkan cenderung memiliki nilai tambah rendah dan daya saing terbatas. Akibatnya, potensi ekonomi dan pangan dari sektor ini belum tergarap secara maksimal.
Distribusi dan pemasaran hasil perikanan yang belum efisien turut memperlemah kontribusi sektor perikanan terhadap ketahanan pangan. Tidak sedikit hasil tangkapan nelayan yang tidak terserap pasar akibat keterbatasan akses, fluktuasi harga, dan lemahnya sistem logistik, sementara industri pengolahan justru sering mengalami kekurangan bahan baku.
Melalui industrialisasi perikanan yang terencana dan terintegrasi, berbagai permasalahan tersebut dapat diatasi secara sistemik. Industrialisasi mendorong penguatan rantai nilai perikanan dari produksi, pengolahan, hingga distribusi, sekaligus memastikan keberlanjutan sumber daya dan perlindungan lingkungan laut.